一部のmidiでは3MLEに変換するときになぜかリズムが崩れたりコピペがうまくいかないやつがあります
そんなときはDominoのファイル→曲のプロパティを開くと、分解能ってやつがあります
これの数値が多分120だか480かなんかになってると思うので、とりあえず96にしましょう

これでなんとかなります